MirGeneDB ID | Mmu-Mir-3073 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3073 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-3073a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-3073-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr12: 112109252-112109311 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3073) |
Mir-3073-as
chr12: 112109250-112109309 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-3073 chr12: 112109252-112109311 [+] UCSC Ensembl Mir-203-v1 chr12: 112130889-112130948 [+] UCSC Ensembl Mir-203-v2 chr12: 112130889-112130948 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCACGGAGUAGCCAAAGCUGUUCCUGCCCAGUGGUCACAGUUGGCGCCAGCCCUAGAGUCUAGAUGGGUUGAUGUCCACUGUGACCAUAGUGCAGGCCAGCAGGAGGCCAGGUGGAGGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCACGGAGUAGCCAAAG---| UU CCA U C CUAGAG CUG CCUGC GUGGUCACAGU GGCG CAGCC U GAC GGACG UACCAGUGUCA CUGU GUUGG C GGGGAGGUGGACCGGAGGAC^ C- UGA C A GUAGAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mmu-Mir-3073_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0014854 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGGUCACAGUUGGCGCCAGCC -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3073a-5p miRDB: MIMAT0014854 |
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Mature sequence | Mmu-Mir-3073_3p |
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mirBase accession | MIMAT0014855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UUGAUGUCCACUGUGACCAUAG -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3073a-3p miRDB: MIMAT0014855 |