MirGeneDB ID | Mmu-Mir-506-P19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-742 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-506-P1 Mmu-Mir-506-P2 Mmu-Mir-506-P7 Mmu-Mir-506-P14 Mmu-Mir-506-P15a Mmu-Mir-506-P15b1 Mmu-Mir-506-P15b2 Mmu-Mir-506-P15c1 Mmu-Mir-506-P15c2 Mmu-Mir-506-P15d Mmu-Mir-506-P16 Mmu-Mir-506-P17 Mmu-Mir-506-P18 Mmu-Mir-506-P20 Mmu-Mir-506-P21 Mmu-Mir-506-P22 Mmu-Mir-506-P23 Mmu-Mir-506-P24 Mmu-Mir-506-P25 Mmu-Mir-506-P26 Mmu-Mir-506-P27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Rno-Mir-506-P19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chrX: 66780376-66780432 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P19) |
Mir-506-P20
chrX: 66776760-66776815 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P21 chrX: 66777266-66777322 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P19 chrX: 66780376-66780432 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P26 chrX: 66780767-66780824 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P27 chrX: 66789899-66789957 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P17 chrX: 66792598-66792655 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P18 chrX: 66796809-66796869 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P14 chrX: 66799235-66799294 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P24 chrX: 66800540-66800597 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P23 chrX: 66801518-66801575 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P25 chrX: 66801954-66802011 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P22 chrX: 66810438-66810494 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P16 chrX: 66813961-66814017 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P15d chrX: 66822655-66822713 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P15c2 chrX: 66825965-66826025 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P15b2 chrX: 66829212-66829270 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCUGGUUCUAGAGUACCUGGGCAGUGCUCUACUCACAUGGUUGCUAAUCACGUGAAGUGUAGGUGAAAGCCACCAUGCUGGGUAAAGUAAAGCUCAUCAUGUUCUUCAUUUGUUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGCUGGUUCUAGAGUACC-- AG C -| U AA GUGAA UGGGC UGCU UACUCA CAUGGU GCU UCAC \ ACUCG AUGA AUGGGU GUACCA CGA AGUG G UGUUGUUUACUUCUUGUACU AA A C^ C A- GAUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Mir-506-P19_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0004838 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUCACAUGGUUGCUAAUCAC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004838 TargetScanVert: mmu-miR-742-5p miRDB: MIMAT0004838 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Mir-506-P19_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0004237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- GAAAGCCACCAUGCUGGGUAAA -57
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004237 TargetScanVert: mmu-miR-742-3p miRDB: MIMAT0004237 |