MirGeneDB ID | Dmo-Mir-3-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dmo-mir-309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dmo-Mir-3-P1 Dmo-Mir-3-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-3-P2a1 Aae-Mir-3-P2a2 Aae-Mir-3-P2b Dan-Mir-3-P2 Dma-Mir-3 Dme-Mir-3-P2 Dpu-Mir-3 Dsi-Mir-3-P2 Dya-Mir-3-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6496: 20937123-20937187 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-P2) |
Mir-2-P6c
scaffold_6496: 20935964-20936029 [-]
Ensembl
Mir-2-P6b scaffold_6496: 20936142-20936210 [-] Ensembl Mir-2-P6a scaffold_6496: 20936318-20936375 [-] Ensembl Mir-2-P5 scaffold_6496: 20936468-20936531 [-] Ensembl Mir-9-P9 scaffold_6496: 20936638-20936694 [-] Ensembl Mir-279-P2 scaffold_6496: 20936799-20936877 [-] Ensembl Mir-3-P1 scaffold_6496: 20936995-20937055 [-] Ensembl Mir-3-P2 scaffold_6496: 20937123-20937187 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUAUAUAUAUACAAGAACAGAAUAUUAUAAGGUAAACUUUGUUCAGUUUUGCCGGGUUCUAUGUUGUGCGCAUCACUGGGUGAAGUUUGUCGUAUAAUCGAAACGAAACAGCAAGGAAAAAGUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUAUAUAUAUACAAGAACAGAAU--| A GU UG UU CCGGGUUCU AUUAUA G AAACUU UUCAGU UG \ UAAUAU C UUUGAA GGGUCA AC A CUGAAAAAGGAACGACAAAGCAAAGC^ G UG GU CU GCGUGUUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dmo-Mir-3-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGUAAACUUUGUUCAGUUUUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dmo-Mir-3-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0008660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- UCACUGGGUGAAGUUUGUCGUA -65
Get sequence
|