MirGeneDB ID | Dno-Mir-129-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-129 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dno-mir-129-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dno-Mir-129-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-129-P1 Bta-Mir-129-P1 Cfa-Mir-129-P1 Cpi-Mir-129-P1 Cpo-Mir-129-P1 Dre-Mir-129-P1a Dre-Mir-129-P1b Ete-Mir-129-P1 Gga-Mir-129-P1 Gja-Mir-129-P1 Gmo-Mir-129-P1a Gmo-Mir-129-P1b Hsa-Mir-129-P1 Lch-Mir-129-P1 Loc-Mir-129-P1 Mal-Mir-129-P1a Mal-Mir-129-P1b Mml-Mir-129-P1 Mmu-Mir-129-P1 Mun-Mir-129-P1 Oan-Mir-129-P1 Ocu-Mir-129-P1 Pbv-Mir-129-P1 Pma-Mir-129-o1 Rno-Mir-129-P1 Sha-Mir-129-P1 Spt-Mir-129-P1 Tgu-Mir-129-P1 Tni-Mir-129-P1a Tni-Mir-129-P1b Xla-Mir-129-P1c Xla-Mir-129-P1d Xtr-Mir-129-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (dasNov3) |
JH569711: 1257306-1257369 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-129-P1) |
Mir-129-P1
JH569711: 1257306-1257369 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-670 JH569711: 1280291-1280354 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAAGCCAGCAGACUCUGCCCUUCUCGAAUCUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCUGUACAUAACUCAAUAGCCGGAAGCCCUUACCCCAAAAAGCAUUCGAGGAGGACACACUCGUCGGGAAGACCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAAGCCAGCAGACUCUGC-- -| C CU GCUGUACAUAA CCUUCUCGAAU CUUUUUG GGU GGGCUU \ GGAGGAGCUUA GAAAAAC CCA CCCGAA C GCCAGAAGGGCUGCUCACACA C^ C UU GGCCGAUAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dno-Mir-129-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047624 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dno-Mir-129-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047626 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- AAGCCCUUACCCCAAAAAGCAU -64
Get sequence
|