MirGeneDB ID | Dya-Mir-2-P4a-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dya-mir-2a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dya-Mir-2-P1-v1 Dya-Mir-2-P1-v2 Dya-Mir-2-P2a Dya-Mir-2-P2b1 Dya-Mir-2-P2b2 Dya-Mir-2-P3a Dya-Mir-2-P3b Dya-Mir-2-P4a-v2 Dya-Mir-2-P4b-v1 Dya-Mir-2-P4b-v2 Dya-Mir-2-P5 Dya-Mir-2-P6a Dya-Mir-2-P6b Dya-Mir-2-P6c Dya-Mir-2-P7 Dya-Mir-2-P8 Dya-Mir-2-P9-v1 Dya-Mir-2-P9-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Aae-Mir-2-P4-v2 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Dan-Mir-2-P4a-v1 Dan-Mir-2-P4a-v2 Dma-Mir-2-P4 Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4a-v2 Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4a-v2 Dpu-Mir-2-P4 Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dsi-Mir-2-P4a-v2 Hme-Mir-2-P4 Isc-Mir-2-P4 Tca-Mir-2-P4-v1 Tca-Mir-2-P4-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
2R: 6066959-6067024 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4a-v1) |
Mir-2-P4b-v1
2R: 6066569-6066628 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P4b-v2 2R: 6066569-6066628 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P4a-v1 2R: 6066959-6067024 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P4a-v2 2R: 6066959-6067024 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P3b 2R: 6067230-6067298 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAAUAAAACUAUUGGCGCAUUCACGCUGGGCUCUCAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUUUCCGCUUUGCGCGGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGUAUCGUACAUCAAAUCAUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAUAAAACUAUUGGCG--- C - -| A CAUUUCCG CAUU ACGCUGGGCUC UCAAAG UGGUUGUGA AUG C GUAA UGCGAUUCGAG AGUUUC ACCGACACU UAC U GGUACUAAACUACAUGCUAU - U G^ A GGCGCGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dya-Mir-2-P4a-v1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUCUCAAAGUGGUUGUGAAAUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Dya-Mir-2-P4a-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -66
Get sequence
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