MirGeneDB ID | Dya-Mir-2-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dya-mir-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dya-Mir-2-P1-v1 Dya-Mir-2-P1-v2 Dya-Mir-2-P2a Dya-Mir-2-P2b1 Dya-Mir-2-P2b2 Dya-Mir-2-P3a Dya-Mir-2-P3b Dya-Mir-2-P4a-v1 Dya-Mir-2-P4a-v2 Dya-Mir-2-P4b-v1 Dya-Mir-2-P4b-v2 Dya-Mir-2-P6a Dya-Mir-2-P6b Dya-Mir-2-P6c Dya-Mir-2-P7 Dya-Mir-2-P8 Dya-Mir-2-P9-v1 Dya-Mir-2-P9-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P5a Aae-Mir-2-P5b Cel-Mir-2-o5 Dan-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P5 Dmo-Mir-2-P5 Dsi-Mir-2-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
2R: 13624064-13624124 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P5) |
Mir-3-P2
2R: 13623513-13623571 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-3-P1 2R: 13623628-13623684 [+] UCSC Ensembl Mir-279-P2 2R: 13623775-13623848 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P9 2R: 13623927-13623983 [+] UCSC Ensembl Mir-2-P5 2R: 13624064-13624124 [+] UCSC Ensembl Mir-2-P6a 2R: 13624211-13624273 [+] UCSC Ensembl Mir-2-P6b 2R: 13624349-13624410 [+] UCSC Ensembl Mir-2-P6c 2R: 13624497-13624562 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUUCCCCCAAUUUAACGGGCCGUUCGCUAAAAGGAACGAUCGUUGUGAUAUGCGUUAUUCCCUAACAUAUCACAGUGAUUUUCCUUUAUAACGCAUGUACAAAGUCCACAACUCAUCAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGUUCCCCCAAUUUAACGGGC-- U C -| C CGUUAU CGU CG UA AAAGGAA GAUCGUUGUGAUAUG \ GUA GC AU UUUCCUU UUAGUGACACUAUAC U GAACUACUCAACACCUGAAACAU C A A^ - AAUCCC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dya-Mir-2-P5_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009101 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAGGAACGAUCGUUGUGAUAUG -23
Get sequence
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Star sequence | Dya-Mir-2-P5_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAUCACAGUGAUUUUCCUUUAUA -61
Get sequence
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