MirGeneDB ID | Pbv-Let-7-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pbv-let-7f-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pbv-Let-7-P1b Pbv-Let-7-P1c Pbv-Let-7-P1d Pbv-Let-7-P2a1 Pbv-Let-7-P2a2 Pbv-Let-7-P2a3 Pbv-Let-7-P2a4 Pbv-Let-7-P2b2 Pbv-Let-7-P2b3 Pbv-Let-7-P2b4 Pbv-Let-7-P2c1 Pbv-Let-7-P2c2 Pbv-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b1 Ami-Let-7-P2b1 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2b1 Cfa-Let-7-P2b1 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2b1 Cpi-Let-7-P2b1 Cpo-Let-7-P2b1 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2b1 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b1a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2b1 Gga-Let-7-P2b1 Gja-Let-7-P2b1 Gmo-Let-7-P2b1a Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2b1 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2b1 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b1 Mal-Let-7-P2b1a Mdo-Let-7-P2b1 Mml-Let-7-P2b1 Mmu-Let-7-P2b1 Mun-Let-7-P2b1 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b1 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2b1 Ovu-Let-7 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2b1 Sha-Let-7-P2b1 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b1 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2b1 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE953102.1: 568377-568453 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b1) |
Let-7-P2c1
KE953102.1: 567802-567876 [-]
Let-7-P2b1 KE953102.1: 568377-568453 [-] Let-7-P2a1 KE953102.1: 568879-568950 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UACUUUCUAAGUAUGUUUCUCUUAUCAGGUUGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUUGUAGGGCAGUUAUUUUGCCCUCUUCAGGAGAUAACUAUACAAUCUAUUGCCUUCCCUGAGGAGUAAAAAUUCUACAGUAUUCUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UACUUUCUAAGUAUGUUU----| UA UU GUAGGGCAGUUAUUU CUCU UCAGG GAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU U GAGG AGUCC UUCCGUUAUCUAACAUAUCAA G CUUCUUAUGACAUCUUAAAAAU^ -- C- UAGAGGACUUCUCCC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pbv-Let-7-P2b1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Pbv-Let-7-P2b1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038807 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
56- CUAUACAAUCUAUUGCCUUCC -77
Get sequence
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