MirGeneDB ID | Dmo-Mir-2-P4a-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dmo-mir-2a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dmo-Mir-2-P1 Dmo-Mir-2-P2a Dmo-Mir-2-P2b1 Dmo-Mir-2-P2b2 Dmo-Mir-2-P3b Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4b-v1 Dmo-Mir-2-P4b-v2 Dmo-Mir-2-P5 Dmo-Mir-2-P6a Dmo-Mir-2-P6b Dmo-Mir-2-P6c Dmo-Mir-2-P7 Dmo-Mir-2-P8 Dmo-Mir-2-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Aae-Mir-2-P4-v2 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Dan-Mir-2-P4a-v1 Dan-Mir-2-P4a-v2 Dma-Mir-2-P4 Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4a-v2 Dpu-Mir-2-P4 Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dsi-Mir-2-P4a-v2 Dya-Mir-2-P4a-v1 Dya-Mir-2-P4a-v2 Hme-Mir-2-P4 Isc-Mir-2-P4 Tca-Mir-2-P4-v1 Tca-Mir-2-P4-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6500: 6908329-6908396 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4a-v2) |
Mir-2-P3b
scaffold_6500: 6907827-6907894 [+]
Ensembl
Mir-2-P4a-v1 scaffold_6500: 6908329-6908396 [+] Ensembl Mir-2-P4a-v2 scaffold_6500: 6908329-6908396 [+] Ensembl Mir-2-P4b-v2 scaffold_6500: 6908917-6908978 [+] Ensembl Mir-2-P4b-v1 scaffold_6500: 6908918-6908977 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCAUAAGAAUUGGCCACAUUCAUGCUGAGCUCUCAAAGAGGCUGUGAAAUGCAUUUUGAAAGCUUUGCGAGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGUAACGUACAUCAAUCAAUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCAUAAGAAUUGGCCA--- C - A-| AAUGCAUUUUGAA CAUU AUGCUGAGCUC UCAAAG GGCUGUGA A GUAA UGCGAUUCGAG AGUUUC CCGACACU G ACUAACUAACUACAUGCAAU - U GA^ AUACGAGCGUUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dmo-Mir-2-P4a-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUCUCAAAGAGGCUGUGAAA -20
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dmo-Mir-2-P4a-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0008672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
46- UCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -68
Get sequence
|