MirGeneDB ID | Mmu-Let-7-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-let-7a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Let-7-P1b Mmu-Let-7-P1c Mmu-Let-7-P2a1 Mmu-Let-7-P2a2 Mmu-Let-7-P2a3 Mmu-Let-7-P2b1 Mmu-Let-7-P2b2 Mmu-Let-7-P2b3 Mmu-Let-7-P2c1 Mmu-Let-7-P2c2 Mmu-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P1d Ami-Let-7-P1d Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P1d Cfa-Let-7-P1d Cgi-Let-7 Cin-Let-7-P1 Cli-Let-7-P1d Cmi-Let-7-P1d Cpi-Let-7-P1d Cpo-Let-7-P1d Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P1d Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P1d1 Dre-Let-7-P1d2 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P1d Gga-Let-7-P1d Gja-Let-7-P1d Gmo-Let-7-P1d1 Gmo-Let-7-P1d2 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P1d Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P1d Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P1d Mal-Let-7-P1d1 Mal-Let-7-P1d2 Mdo-Let-7-P1d Mml-Let-7-P1d Mun-Let-7-P1d Npo-Let-7 Oan-Let-7-P1d Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P1d Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P1d Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P1d Sha-Let-7-P1d Sko-Let-7 Spt-Let-7-P1d Spu-Let-7 Sto-Let-7-P1d Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P1d Tni-Let-7-P1d1 Tni-Let-7-P1d2 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr9: 41536732-41536798 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P1d) |
Mir-10-P2d
chr9: 41531437-41531493 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P1d chr9: 41536732-41536798 [+] UCSC Ensembl Mir-10-P3d chr9: 41581940-41582001 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCAGCCAUUGUGACUGCAUGUUCCCAGGUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUAGAGUUACAUCAAGGGAGAUAACUGUACAGCCUCCUAGCUUUCCUUGGGACUUGCACAAAGCAACAUGGCAAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCAGCCAUUGUGACUGCA ---| UU G U UAGAGUUACA UGU UCCCAGG GAG UAG AGGUUGUAUAGUU \ ACG AGGGUUC UUC AUC UCCGACAUGUCAA U AGAACGGUACAACGAAAC- UUC^ CU G C UAGAGGGAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Let-7-P1d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000521 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000521 TargetScanVert: mmu-let-7a-5p miRDB: MIMAT0000521 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Let-7-P1d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0017015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- CUGUACAGCCUCCUAGCUUUCC -67
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-let-7a-2-3p miRDB: MIMAT0017015 |