MirGeneDB ID | Mmu-Let-7-P2c1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-let-7d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Let-7-P1b Mmu-Let-7-P1c Mmu-Let-7-P1d Mmu-Let-7-P2a1 Mmu-Let-7-P2a2 Mmu-Let-7-P2a3 Mmu-Let-7-P2b1 Mmu-Let-7-P2b2 Mmu-Let-7-P2b3 Mmu-Let-7-P2c2 Mmu-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2c1 Ami-Let-7-P2c1 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2c1 Cfa-Let-7-P2c1 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2c1 Cmi-Let-7-P2c1 Cpi-Let-7-P2c1 Cpo-Let-7-P2c1 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2c1 Dpu-Let-7 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2c1 Gga-Let-7-P2c1 Gja-Let-7-P2c1 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2c1 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2c1 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2c1 Mdo-Let-7-P2c1 Mml-Let-7-P2c1 Mun-Let-7-P2c1 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2c1 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2c1 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2c1 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2c1 Sha-Let-7-P2c1 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2c1 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2c1 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2c1 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr13: 48536025-48536099 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2c1) |
Let-7-P2c1
chr13: 48536025-48536099 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b1 chr13: 48537834-48537910 [-] UCSC Ensembl Let-7-P2a1 chr13: 48538189-48538260 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACCAGCAAGAAUAAAAUGGGUUCCUAGGAAGAGGUAGUAGGUUGCAUAGUUUUAGGGCAGAGAUUUUGCCCACAAGGAGUUAACUAUACGACCUGCUGCCUUUCUUAGGGCCUUAUUAUACCAGCAUACGUUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GACCAGCAAGAAUAAAA--| UU A C UUAGGGCAGAGAUU UGGG CCUAGGA GAGGUAGUAGGUUG AUAGUU U AUUC GGAUUCU UUCCGUCGUCCAGC UAUCAA U CUUUGCAUACGACCAUAUU^ CG - A UUGAGGAACACCCG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | This is a Group 2 in human according to Kim et al (2017) but because there is a templated 3' U it is not possible according to read data to classify it as such in other taxa although the secondary structure is consistent with this categorization. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Let-7-P2c1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000383 TargetScanVert: mmu-let-7d-5p miRDB: MIMAT0000383 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Let-7-P2c1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000384 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
54- CUAUACGACCUGCUGCCUUUC -75
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000384 TargetScanVert: mmu-let-7d-3p miRDB: MIMAT0000384 |