MirGeneDB ID | Mmu-Mir-9-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-9-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-9-P1 Mmu-Mir-9-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-9-P3 Bfl-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Bta-Mir-9-P3 Cfa-Mir-9-P3 Cin-Mir-9 Cli-Mir-9-P3 Cpi-Mir-9-P3 Cpo-Mir-9-P3 Cte-Mir-9 Dno-Mir-9-P3 Dre-Mir-9-P3a Esc-Mir-9 Ete-Mir-9-P3 Gga-Mir-9-P3 Gja-Mir-9-P3 Gmo-Mir-9-P3a Gmo-Mir-9-P3b Hme-Mir-9-o3 Hsa-Mir-9-P3 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P3 Lgi-Mir-9 Loc-Mir-9-P3 Mal-Mir-9-P3a Mal-Mir-9-P3b Mdo-Mir-9-P3 Mml-Mir-9-P3 Mun-Mir-9-P3 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P3-v1 Oan-Mir-9-P3-v2 Obi-Mir-9 Ocu-Mir-9-P3 Ovu-Mir-9 Pbv-Mir-9-P3 Pma-Mir-9-o3 Pmi-Mir-9 Rno-Mir-9-P3 Sha-Mir-9-P3 Spt-Mir-9-P3 Spu-Mir-9 Tgu-Mir-9-P3 Tni-Mir-9-P3a Tni-Mir-9-P3b Xbo-Mir-9 Xla-Mir-9-P3c Xla-Mir-9-P3d Xtr-Mir-9-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr3: 88215613-88215674 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P3) |
Mir-3093
chr3: 88215186-88215247 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-9-P3 chr3: 88215613-88215674 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGGCGGCCAGGAGGCGGGGUUGGUUGUUAUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGGUGUGGAGUCUUCAUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUAAAAAUAACCCCAUACACUGCGCAGAGGGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGGCGGCCAGGAGGCG---| GUUG UC G GUGGUG GGGUUG UUA UUUGGUUAUCUAGCU UAUGA U CCCAAU AAU AAGCCAAUAGAUCGA AUACU G CCGGGAGACGCGUCACAUAC^ AAA- GA A UCUGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-9-P3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000142 TargetScanVert: mmu-miR-9-5p miRDB: MIMAT0000142 |
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Co-mature sequence | Mmu-Mir-9-P3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUA -62
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000143 TargetScanVert: mmu-miR-9-3p miRDB: MIMAT0000143 |